در هنگامی که ناصرالدین شاه هنوز به مقام پادشاهی نرسیده بود و به اصطلاح ولیعهد بود، امیرکبیر وزارت او را به عهده داشت و «وزیرنظام» نامیده می شد. امیر مردی دیندار و مومن بود و از همین رو عقیده داشت که اقلیت های مذهبی مانند مسیحیان و یهودیان باید در کشورهای اسلامی از نعمت امنیت و سلامت و آسایش برخوردار باشند. او عقیده داشت که هیچکس نباید به خاطر عقیده مذهبی خود مورد آزار و اذیت قرار گیرد. امیر بدترین کار یک مسلمان را توهین به عقاید مذهبی غیرمسلمان می دانست و می گفت: هنگامی که ما به عقیده یک فرد غیر مسلمان توهین کنیم، او به علت ترس نمی تواند پاسخ ما را بدهد و لذا در دل خود نسبت به ما احساس کینه و نفرت خواهد کرد. و چه چیز بدتر از آن است که دو هموطن بیهوده با هم دشمن باشند؟
در ماه جمادی الثانی سال ۱۲۶۳ قمری در شهر تبریز حادثه ای اتفاق افتاد که اگر عقل و درایت امیرنظام نبود، شاید آن حادثه ابعاد هولناکی به خود می گرفت و در جهان آبرویی برای مسلمانان و ایرانیان باقی نمی ماند.
قضیه از این قرار بود که سگی از قنسولخانه روس مفقود شد. کارمندان قونسولخانه به محمد خان بیگلر بیگی که مسوول امنیت تبریز بود شکایت کردند. بیگلر بیگی به کاری نابخردانه دست زد و آن دستگیری چند نفر از اهالی تبریز بود.
بعضی از عوامفریبان به جای شکایت به «امیرنظام»، به تحریک عوام پرداختند و گفتند که حبس چند مسلمان به خاطر یک سگ متعلق به مسیحیان توهین به مسلمانان است و مردم باید به خاطر این توهین به محله های ارامنه حمله کرده، خانه های آنان را تاراج کنند. با این مقدمات بود که ناگهان عده زیادی از مردم به رهبری اشرار تبریز به محله ارامنه آن شهر حمله کردند. امیرنظام با شنیدن این خبر سخت خشمناک شد و گفت: "باید هر چه زودتر جلوی این فتنه گرفته شود. سپاهیان دولتی باید جلوی مردم را بگیرند" و آنگاه خود بر اسبی سوار شد و به همراه محمد خان بیگلر بیگی و عده ای سپاه به سوی محله ارامنه حرکت کرد. مردم عوام فریاد می کشیدند و قصد غارت خانه های ارامنه را داشتند. امیر با خشم فراوان به بیگلر بیگی گفت: می بینی که نابخردی تو چه اوضاعی پیش آورده است؟ اشرار و الواط شعارهای مقدس را وسیله غارت مردم بی گناه ساخته اند.
البته تا رسیدن سپاهیان به محله ارامنه چند خانه ای غارت شد؛ اما امیرکبیر با رسیدن به آنجا دستور داد به مهاجمان اعلام کنند که هر کس به یک ارمنی حمله ور شود و یا خانه ای را غارت کند با مجازاتی سخت رو به رو خواهد شد. مهاجمان با شنیدن این اخطار به سرعت عقب کشیدند و متفرق شدند. آنگاه به دستور امیرنظام مسلمانان زندانی آزاد شدند و غائله با همت و درایت او پایان یافت.
نادر میرزا مولف کتاب تاریخ تبریز که خود شاهد آن واقعه بوده است، ماجرا را چنین نقل می کند:
"اشرار و الواط تبریز بهانه ای به دست کرده، به کوی ارامنه تاختند و شورش درانداختند و به غارت سراهای مسیحیان پرداختند. هنوز چند خانه به تاراج نرفته بود که میرزا تقی خان وزیر نظام و محمد خان بیگلربیگی و کدخدایان و بسی از سپاهیان به کوی ارمنیان شتافتند و با هزاران زحمت مردم را از برزن های آن کوی برگرداندند. و آن غوغایی بس بزرگ بود که اگر نه اهتمام وزیر نظام و نرمی دستور ملک نصیرالملک بود، کار به جایی می کشیدی که نامی زشت برای ایران بماندی. "
نادر میرزا وحشت و ترس ناصرالدین میرزای ولیعهد را اینگونه بیان می کند:
"من در آن هنگامه به درگاه شدم که شنیدم بدانجای مردمان غوغا انبوهند. آنجا رسیدم، میدان و دفترخانه و صحن دیوانخانه پر از اشرار و عوام بود. شاهنشاه به دیوان نشسته و رنگ رُخان پریده، عامه هر یک به کاری مشغول. تنی از آبگیر آب می نوشیدند؛ برخی چپق همی کشیدند؛ تنی چند به سایه نشسته بودند و فریاد همی کردند که باید ما را ماذون سازی که امروز همه مسیحیان را پاره کنیم! کجا آن گوش که استماع کند؟ تا نزدیک غروب این فتنه فرو نشست و بیست باب سرای ارامنه به تاراج رفت. پس وزیر نظام را دیدم که دامنها به کمر زده، دبوسی (گرزی) به دست داشت و سواره همی تاخت. "
سیاست امیرکبیر در زمان صدارت بر پایه "مدارای مذهبی و حق آزادی پرستش" قرار داشت. در سال ۱۲۶۵ قمری چون شنید که عده ای از اشرار یزد به خانه زرتشتیان ریخته و اموال آنها را غارت کرده اند در نامه ای که در ذیحجه همان سال برای نایب الحکومه یزد فرستاد نوشت: "از آنجا که رفاهیت طایفه مزبوره را اینجانب طالب است، می باید آن عالیجاه در هر باب مراقب و مواظب باشد که احدی به «ملّا رستم» و کسان او به هیچوجه من الوجوه متعرض و مزاحم نشود، که در کمال آسودگی و فراغت مشغول رعیتی و کاسبی خود باشند. " در همان نامه وی به نایب الحکومه یزد فرمان می دهد که "[چون] مبالغی اسباب و اموال آنها را به نهب و غارت برده اند، لهذا به آن عالیجاه قلمی می شود (نوشته می شود) که در این باب نهایت اهتمام به عمل آورده، اموال آنها را تمام و کمال از مرتکبین گرفته، به آنها برساند. "
امیرکبیر و مسیحیان
امیر در آغاز سال ۱۲۶۶ قمری شنید که عده ای در ارومیه مسیحیان را به زور و فشار به تغییر مذهب وادار می سازند. ابتدا شخصی را برای تحقیق کافی به ارومیه فرستاد و چون بر واقعی بودن آن گزارشها اطمینان یافت در نامه ای که در صفر ۱۲۶۶ برای محمد رضاخان وزیر آذربایجان فرستاد، نوشت:
"... از قراری که مذکور شد از خوانین افشار ارومیه و بعضی از اهالی آنجا نسبت به طایفه نصرانیه ارومیه، بیحسابی و ظلم می رسد و آنها را تکلیف به تغییر مذهب می نمایند. از اینکه هر یک از ملل متنوعه و مذاهب مختلفه که در ممالک پادشاهی هستند باید در عین فراغت و آسودگی زندگی کنند و به دوام دولت قاهره بپردازند، لهذا به آن مخدوم اظهار می شود که به مباشرین امور دیوانی ارومیه غدقن نمایند که در هر باب مراقب احوال طایفه مزبوره بوده، نگذارند که از کسی نسبت به آنها تعدی و بیحسابی برسد و آنها را تکلیف به تغییر مذهب نماید. "
امیر و طایفه صابی
امیر در رمضان سال ۱۲۶۶ قمری در نامه ای که برای اردشیر میرزا حکمران خوزستان فرستاد به وی اطلاع داد: "... طایفه صابی که معتقد به مذهب حضرت [زکریا] هستند و در شوشتر سکنی دارند، بعضی از اعیان و اشراف آنجا، آنها را آزار و اذیت زیاد نموده، به جبر و عنف آنها را از کیشی که دارند دعوت به اسلامی می نمایند و به این سبب همه به اطراف و جوانب آنجا متفرق شده اند. "
امیر از این حادثه اظهار نگرانی می کند و به حکمران خوزستان فرمان می دهد "... . هر قدر از طایفه مزبوره که به اطراف و جوانب متفرق شده اند جمع آوری کرده، در همان شوشتر سکنی دهند. و در هر حال مراقب احوال آنها بوده، نگذارند آنها را کسی از کیش خود به جبر و عنف به دین مبین اسلام تکلیف نماید، یا آزار و اذیتی به آنها برساند، مگر اینکه خود به رضای خود دین مبین اسلام را قبول کنند. "
بنای مدرسه دارالفنون
در سال ۱۲۶۶ قمری امیر تصمیم گرفت برای تعلیم و تعلّم "علوم و صنایع" در تهران مدرسه ای بنا کند. چون قرار بود که در این مدرسه همه فنون تعلیم داده شود، نام آن را "دارالفنون" گذاردند. طرح بنای ساختمان را «میرزا رضا مهندس باشی» ریخت و «محمد تقی خان معمار باشی» مامور بنای آن گردید.
ساختمان بنای مدرسه دارالفنون نزدیک به یک سال طول کشید. در این مدت امیر کوشش بسیار می کرد که ساختمان هر چه زودتر پایان پذیرد و غالبا خود به محل ساختمان می رفت و کار بنایان را از نزدیک سرکشی می نمود. در شماره ۲۹ روزنامه وقایع اتفاقیه (پنجشنبه ۲۳ شوال ۱۲۶۷) در مورد این مدرسه چنین می خوانیم:
"پارسال امنای دولت عِلّیه قرار گذاشتند که در میان ارگ سلطانی دارالخلافه تهران «تعلیم خانه» بسازند که علوم و صنایع در آنجا تعلیم و تعلم شود. از آن وقت هم مشغول ساختن این عمارت هستند ولیکن هنوز تمام نشده است و چون که کارش خیلی است تمام کردنش طول دارد. "
از آنجا که امیر مردی با تجربه بود، می‌دانست که تنها ساختن عمارتی به نام دارالفنون دردی را دوا نمی کند. امیرکبیر در همان زمان که ساختن بنای دارالفنون ادامه داشت، درصدد جلب معلمان و متخصصان جهت تدریس در این مدرسه برآمد. در آن زمان اروپا از نظر صنعت و علم پیشرفت بسیار کرده بود. امیرکبیر تصمیم گرفت که برای استخدام تعدادی از معلمان آگاه اروپایی اقدام نماید. این بود که به مُسیو «جان دیوید» که در سفارت ایران در «سن پترزبورگ» مشغول کار بود نامه نوشت و او را مامور استخدام معلمان نمود. امیرکبیر در نامه خطاب به دیوید نوشت که "شش نفر معلم با سررشته صاحب وقوف برای مکتبخانه پادشاهی که در دارالخلافه تهران بنا شده است ضرور و درکار است. لهذا آن عالیجاه مأذون و مرخص است که به مملکت نمسا (اتریش) و پروسا (پروس) رفته، شش معلم ماهر به موجب تفصیل علیحده برای مکتب پادشاهی تا مدت شش سال اجیر کرده، تا مبلغ چهار هزار تومان برای مقرری آنها و برای هر یک از آنها به جهت مخارج آمدن و رفتن مبلغ چهارصد تومان قرار بدهد و نوشته و داد و ستد کند. از آن قرار، در دولت عِلّیّه مُمضَی و مقبول است. "
مسیو جان دیوید به خدمت پادشاه اتریش رسید و پادشاه او را با مهربانی پذیرفت و دستور داد که همه گونه تسهیلات برای انجام کار وی آماده گردد. متاسفانه زمانی مسیو جان دیوید با معلمان به ایران بازگشت که امیرکبیر از کار برکنار شده بود.
دکتر پولاک پزشک اتریشی که برای تدریس «طب» از سوی امیرکبیر دعوت شده بود، در خاطرات خود می نویسد:
"ما در ۲۴ نوامبر ۱۸۵۱ وارد تهران شدیم. پذیرایی سردی از ما نمودند. احدی به استقبال ما نیامد و اندکی بعد خبردار شدیم که در این میانه اوضاع تغییر یافته و چند روز قبل از ورود ما در نتیجه توطئه های درباریان، بویژه مادر شاه میرزا تقی خان مغضوب گردیده است.
همینکه امیر از ورود ما اطلاع حاصل نمود، [با اینکه] دومین روزی بود که توقیف شده بود، میرزا داوود خان را که از اروپا مراجعت کرده بود احضار نموده و به او گفته بود این نمسه ایهای (اتریشی ها) بیچاره را من به ایران آوردم. اگر سرِ کار بودم، اسباب آسایش خاطر آنها را فراهم می ساختم، ولی حالا می ترسم به آنها خوش نگذرد. سعی کن که کارشان رو به راه شود. "
امیر درست فهمیده بود. میرزا آقاخان نوری که با کلیه اصلاحات امیرنظام مخالف بود سعی داشت از تأسیس مدرسه ای که امیر می خواست به ترتیب اروپایی بازنماید، جلوگیری کند.
